制藥組裝流水線的潔凈度對于藥品質量至關重要，需要從多個方面來維持。
首先是廠房設計。制藥流水線所處的廠房應采用合理的布局，劃分出不同的潔凈區域。例如，根據藥品生產要求和潔凈度等級，分為 A 級（高風險操作區）、B 級、C 級和 D 級。不同區域之間設置氣閘室或緩沖間，防止空氣交叉污染。廠房的墻壁、地面和天花板應采用光滑、無縫隙、易清潔的材料，如不銹鋼或環氧涂層材料，避免灰塵和微生物的積聚。
在空氣凈化系統方面，要安裝空氣過濾器。如采用 HEPA（空氣微粒）過濾器，對于 0.3 微米以上的微粒過濾效率可達到 99.97% 以上。根據不同的潔凈區域要求，調整送風量和換氣次數。A 級區域換氣次數可能高達每小時幾百次，以確保空氣的持續潔凈。同時，要定期對空氣凈化系統進行維護和檢測，包括更換過濾器、檢查風機運行狀況等，保證系統穩定運行。
設備的清潔和維護比較關鍵。制藥組裝流水線設備應選用易于清潔、表面光滑且耐腐蝕的材料制作。在生產過程中，定期對設備進行清潔，采用合適的清潔劑，如符合藥品生產規范的過氧化氫溶液等。對于設備的縫隙、角落等難以清潔的部位，要特別注意，可設計成便于拆卸的結構，方便清潔。
人員操作也是影響潔凈度的重要因素。操作人員應穿著符合潔凈要求的工作服，包括連體式潔凈服、頭套、口罩和鞋套等，減少人體皮屑、頭發等污染物的散發。并且，在進入潔凈區前，要經過嚴格的人員凈化程序，如洗手、風淋等。同時，要限制進入潔凈區的人員數量，減少人員活動產生的塵埃和微生物。
此外，物料的進出管理同樣重要。所有進入流水線的物料都要經過清潔處理，包裝材料也應符合潔凈要求。在物料傳遞過程中，采用密封式的傳遞窗或傳遞通道，防止外界污染物的進入。
